Von den Europäern entdeckt wurde das Archipel vor der Küste Pernambucos schon in den ersten Jahren des 16. Jahrhunderts. Interesse an ihm hatten dabei nicht nur die Portugiesen. Fernando de Noronha war immer wieder von Invasionen verschiedener Nationen betroffen, von Engländern, Franzosen und Holländern.
Errichtet wurden deshalb an mehreren Stellen Befestigungsanlagen, wie Forte de Santana, Forte de Santo Antônio, Forte Nossa Senhora da Conceição und das Forte do Boldró. Sie wurden jetzt als Kulturdenkmale Brasiliens augewiesen.
Gleiches gilt für verschiedene Kapellen sowie für die von den Franzosen in den 30er Jahren genutzte Basis für Flüge. Im zweiten Weltkrieg hat die Inselgruppe den Amerikanern als Luftbasis gedient, als Verbindung zum afrikanischen Dakar. Den Denkmalschutzstatus erhalten hat ebenso ein im 18. Jahrhundert errichtetes Gefängnis.
Mit der jetztigen Ausweisung wird ein langer Streit beendet. Das brasilianische Denkmalschutzamt hatte bereits im vergangenen Jahr ganz Fernando de Noronha provisorisch als Kulturgut deklariert. Von den Bewohnern der Insel wurde dies jedoch abgelehnt, da jegliche Veränderungen und Bauten damit erschwert wurden, selbst wenn keine historischen Bereiche davon betroffen wären.
Mit der neuen Version haben nun lediglich die geschichtsträchtigen Bereiche einen Schutzstatus erhalten.
Abgesehen von seiner geschichtlichen Bedeutung für Brasilien ist das Archipel ein Naturparadies, das bereits 1988 als Nationalpark zum Schutz der Artenvielfalt ausgewiesen wurde.
